蛋白質藥物生產與蛋白質修飾技術相輔相成，選擇適合的蛋白質表現系統與精良的純化技術亦為藥物開發是否成功的關鍵要素之一，本中心之蛋白質表現系統包含：

(1)原核大腸桿菌(E. coli)表現系統：表現簡單蛋白質藥物

(2)酵母菌(Pichia pastoris)表現系統：表現多對雙硫鍵蛋白質藥物

(3)哺乳類動物細胞(Cell)表現系統：表現複雜雙硫鍵蛋白質藥物

蛋白質純化則使用業界普遍使用之Akta系列純化系統，提供蛋白質藥物之中小量生產服務。

為提升本中心蛋白質相關產品之品質，本中心引進CNS 17025:2018測試與校正實驗室能力一般要求與Good Laboratory Practice(簡稱為GLP)優良實驗室操作規範之實驗室管理概念，確保生產過程中，人員之選、育、用、留、設備之維護(定期校驗)、標準操作程序之制定以及結果之保存，均有監控以獲得高品質之一致性產品。